После событий второго фильма Эдди и Веном оказываются в центре внимания не только преступных элементов, но и правительственных структур. Неустанно преследуемые ксенофагами, которых отправил злодей Налл, они вынуждены скрываться. Налл, создатель симбиотов, решает вернуть Венома, ведь в нем скрыт некий важнейший артефакт — Кодекс, способный освободить его. Однако есть важное условие: для активации артефакта симбиот и его хозяин должны остаться целыми, в противном случае Кодекс утратит свою силу.
Ситуация осложняется тем, что полиция считает Эдди убийцей детектива Маллигана, и к ним присоединились спецслужбы из Зоны 51, которые по приказу ученой Тедди Пейн и военного Рекса Стрикленда охотятся на героев. Это становится настоящей игрой на выживание, где на карту поставлены не только их жизни, но и судьба мира.